Die Basler Chemieindustrie entwickelte sich aus der Textilbranche. Bereits im 18. Jahrhundert importierte Johann Rudolf Geigy-Merian Farben und Heilmittel. Der eigentliche Beginn der chemischen Produktion war jedoch um 1860, als der Färber Alexander Clavel ein neues Verfahren für synthetische Farbstoffe aus Lyon nach Basel brachte. Einer der frühen Unternehmer war Ernst Karl Ferdinand Petersen. Ursprünglich stellte er bei Paris Farbstoffe her, musste seine Fabrik jedoch wegen Umweltverschmutzung schliessen und verlegte sie 1862 in die Schweizerhalle. Dort produzierte er Fuchsin – ein roter Farbstoff, bei dessen Herstellung giftige Substanzen wie Arsensäure eingesetzt wurden. Diese war in Basel verboten, im angrenzenden Baselland jedoch nicht.

Petersens Farbstoffe wurden unter anderem an Geigy geliefert. Doch seine Firma konzentrierte sich zu stark auf ein einziges Produkt und konnte sich nicht an die rasanten Entwicklungen der Branche anpassen. Um 1900 musste er seine Fabrik schliessen, während sich andere Unternehmen wie Geigy, Ciba und Roche durch Innovationen weltweit etablierten. Basel wuchs zum Zentrum der Chemie- und Pharmaindustrie.

Im Zweiten Weltkrieg blieb Basel neutral, doch Unternehmen wie Geigy und Hoffmann-La Roche betrieben Fabriken im nahegelegenen Grenzach (Deutschland), wo die Bedingungen wirtschaftlich günstiger waren. Dort setzten sie zwischen 1940 und 1945 über 230 Zwangsarbeiterinnen und Zwangsarbeiter ein – verschleppt aus besetzten Gebieten, ohne Schutz oder faire Entlohnung. Die Löhne zahlten die Firmen direkt an die deutschen Behörden. Obwohl einige Unternehmer dem NS-Regime kritisch gegenüberstanden, überwogen wirtschaftliche Interessen. Produkte wie das Insektizid DDT oder pharmazeutische Mittel dienten auch militärischen Zwecken. Die Unternehmen blieben gleichzeitig international aktiv – ein wirtschaftlicher Spagat zwischen Systemen.